公安边防部队高等专科学校，坐落于美丽的羊城广州，于1994年6月成立，为公安部直属高校，是一所面向公安边防部队招生，承担公安边防部队生长干部学历教育（大专）及在职培训任务的现役院校，享受解放军院校同等待遇，是有志青年献身边防教育和部队建设、实现人生理想的知识殿堂。

1991年，经中华人民共和国公安部批准，筹建公安边防部队广州指挥学校。

1994年6月28日，组建公安边防部队广州指挥学校。

1995年9月1日，学校开学。

2003年，学校由广东省公安边防总队领导下的副师级编制，提升成公安部边防管理局直接领导的正师级编制。公安边防部队广州指挥学校是培养大、中专初级指挥警官的学校，是面向全国公安边防部队招生，培养基层指挥管理干部、培训中、高级领导的具有公安边防教育特色的大专院校。

1992年3月，公安部批准在新疆公安边防总队教导大队的基础上成立公安边防部队乌鲁木齐指挥学校。

1993年之前，组建公安边防部队呼和浩特指挥学校。

2009年，中央机构编制委员会办公室做出《关于公安现役部队学校整合并核定编制的批复》，批准在公安边防部队广州指挥学校的基础上，整合乌鲁木齐边防指挥学校、呼和浩特边防指挥学校，筹建公安边防部队指挥学院，行政编制提升为副军级。

2010年，公安部做出《关于组建公安边防部队指挥学院的批复》，决定在公安边防部队广州指挥学校基础上筹建公安边防部队指挥学院。

2014年6月，中华人民共和国教育部、中华人民共和国公安部和公安部边防管理局党委决定启动公安边防部队高等专科学校申办工作。

2015年10月17日，公安边防部队广州指挥学校、乌鲁木齐指挥学校、呼和浩特指挥学校完成历史使命，公安边防部队高等专科学校在广州揭牌成立。公安部现役工作办公室主任牟玉昌在揭牌仪式上宣读教育部关于同意建立公安边防部队高等专科学校的函和学校领导任职命令，公安部边防管理局政委李乐民、财政部国防司巡视员李军、广东省公安厅副厅长郭少波出席揭牌仪式并发表讲话。